新昆华医院是一家股份制的医院。由云南省医疗投资管理有限公司、云南省第一人民医院、昆明钢铁控股有限公司和云天化集团有限公司四家股东单位共同出资成立云南昆华医院投资管理有限公司。云南昆华医院投资管理有限公司负责新昆华医院的建设管理工作，医院的所有权归昆华公司所有，经营权归新昆华医院所有。医院建立法人治理结构，实行昆华公司董事会领导下的院长、执行长负责制。
        新昆华医院项目引进国际先进的管理机制，借鉴台湾长庚医院的管理经验，采用运营管理与医疗管理分开的“医管分工合治”创新模式，即：院长带领各临床科室医技人员集中精力做好医疗技术的提升和高效的医务服务，设置执行长岗位，负责管理经营、财务、人事、后勤、物资供应等事务。“医管分工合治”是按照专业化与分工原则，将医疗专业管理与医院经营管理予以适当分离，并赋予医管双方不同的权力和责任，以便充分发挥各自的专业特长。两个管理体系中间密切配合，共同为病人提供专业化、精细化的服务，持续性地改善医疗品质。
        新昆华医院还建立专科经营助理制度、护理人员垂直管理制度、医事处统一签床制度，等等。通过这些体制机制的创新，进一步优化了管理结构，有助于实现各个岗位的人员权责分明，调动大家的工作积极性，实现医院的高效运营。