随着新昆华医院的建成和运营，为顺应集团的大部制改革、“两转三化”以及公司提级管理的需要，结合公司下步发展思路和方向，公司和医院要破除两张皮，组织机构调整工作势在必行。

经公司2017年第1次党委会研究决定，公司原有4个部门，新昆华医院原有10个部门，通过调整、合并、增设，公司（医院）共设13个一级部门，其中经营管理及服务保障部门6个：综合管理部、人力资源部、纪检风控部、财务管理部、建设管理部、经营管理部；医疗业务及服务保障部门7个：医务部、护理部、信息处、设备物资处、医事处、后勤处、保卫处。